得到慈禧的首肯，光绪皇帝决定大刀阔斧改革，他下旨任命康有为当工部主事，给康有为升官，加快了变法步伐。一时间，康有为在京城声名大噪，很多维新变法的中间派都投到翁同龢和康有为门下，参与变法维新。“帝党”的势力迅速膨胀。只有李鸿章、李经述、张之洞等务实的洋务派，清醒地意识到康有为变法的问题，同他们保持距离，李经述甚至对李鸿章预言：“这次变法维新，过于仓促虚空，争权夺利乃是实质，恐怕难超过百日。”
此时，康有为狂妄到连李鸿章也不放在眼里的地步。康有为成立强国会，李鸿章派袁世凯去京城代他送上白银千两，略表心意，康有为认为李鸿章乃是慈禧太后的人，拒收千两白银，还把袁世凯晾在门外一个时辰，气得袁世凯当即回了天津。
李经述当时还在天津，问袁世凯对康有为的印象如何？袁世凯回答说：“此辈阅历甚浅，不足为谋。”
1893年，光绪皇帝颁布“诏定国是”，正式开始变法，比历史上的“戊戌变法”提前了五年，这一次变法的主角，依然是协办大学士、军机大臣、总理大臣、户部尚书翁同龢，工部主事康有为、刑部主事杨深秀、内阁中书杨锐、刑部主事刘光第，康有为的弟弟康广仁也从广东南海老家赶来北京帮忙。
刚开始，光绪皇帝颁布了雪花般多的新令，让各省修铁路，办洋务，试探慈禧太后的态度，只是小打小闹，这些举措在慈禧太后的可接受范围之内，慈禧没有吭声。
不久，光绪皇帝试着给慈禧太后扔了一颗“手榴弹”：光绪皇帝开始改革官制，裁撤了詹事府、通政司、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、大理寺等六个闲散衙门，相当于一下子撤掉了六个中央直属机关，改革力度空前，慈禧太后依然没有吭声，在颐和园里悠闲地看昆明湖的日出日落，“帝党”一片欢呼雀跃。康有为更有一种拯救天下“舍我其谁”的豪情，建议光绪皇帝再大步向前走。
这时，六部九卿的守旧官员坐不住了，因为有谣言，裁撤了詹事府、通政司、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、大理寺，下一步光绪皇帝和翁同龢、康有为他们要裁撤六部九卿。整个京师惶恐，守旧的老臣排着队到颐和园找慈禧太后告状，说现在朝中只有一个臣子能承皇上的意，那就是翁同龢；只有一个读书人入得了光绪皇帝的眼，那就是康有为。
慈禧太后面不改色，安慰群臣说：“你们说了半天，不就是担心自己的官位不保吗？汝等暂且回去，哀家马上下一道懿旨，收回二品以上大臣的任命和裁撤权，这样你们这些朝中大员，就可安心回家睡觉了。”
得了慈禧太后的保证，这些朝中守旧官员才停止了哭泣，打道回府了。慈禧太后没想到，她的懿旨刚发，五天后，光绪皇帝和翁同龢就给她扔了一颗“炸弹”！八月十九日，光绪皇帝未请示慈禧太后，就下了圣旨，罢免了礼部尚书怀塔布、许应骙等六名高官，理由是他们不执行皇帝的维新旨意。
这六名高官都是一品大员，光绪皇帝这么做，是翁同龢和康有为的主意，杀一儆百，一下子罢免六位高官，帝王的威严马上就会被树起！不过，这样一来，慈禧太后那道要求二品以上官员由她处理的懿旨就成了一纸空文，相当于给了慈禧太后一耳光。慈禧太后不愧是搞政变出身的高手，她这时被打脸了竟然还不还手，若无其事在颐和园吃斋念佛，面对那些找她哭诉的大臣，也令其“暂且忍耐”！
见慈禧没有反对，翁同龢和康有为大喜，觉得这老太婆不敢吭声，肯定是被变法的气势吓倒了，现在全国上下，无不为皇上的变法维新叫好，光绪皇帝维新变法，还登上了《纽约时报》的头版头条，最重要的是，连泰西各国洋公使也积极支持光绪皇帝变法。他们料定慈禧不会再干涉时政，决定一鼓作气，给慈禧太后为首的守旧“后党”扔了一颗“原子弹”：开始朝李鸿章下手！搞倒李鸿章，翁同龢等这一天，已经等了近三十年，想得都快发疯了！
光绪皇帝对朝李鸿章下手还是有点犹豫不决，问翁同龢道：“翁师傅，李鸿章是太后倚重多年的重臣，而且对维新变法也比较支持，如果动了李鸿章，太后岂会善罢甘休？”
翁同龢道：“现在天下人人都支持变法，打了李鸿章这只大老虎，就说明朝中没人不能动，天下必然信服皇上，以后变法维新的阻力会小很多。”
光绪皇帝还是犹豫不决，翁同龢说，可以先试试。光绪皇帝在翁同龢的大力怂恿下，下诏罢免李鸿章总理衙门总署大臣之职。
翁同龢的想法，是先罢免李鸿章总理衙门总署大臣之职，如果慈禧太后不吭声，他就接着怂恿光绪皇帝罢免李鸿章北洋通商大臣之职，如果慈禧太后依然不说话，就建议光绪皇帝罢免李鸿章直隶总督和大学士的职务，让李鸿章告老还乡！不过，这一切，只是翁同龢做的春秋大梦而已，正如他和康有为“变法三年让中国自立富强”的乌托邦之梦一样！
变法维新动到李鸿章头上，已经触及了慈禧太后忍无可忍的底线。慈禧太后秘密传召荣禄到颐和园，让他调动京城兵马，做好囚禁光绪皇帝的军事准备。为了再给光绪皇帝一次机会，慈禧没有急于下手，她带着光绪皇帝去探望了赋闲的恭亲王，借机敲打光绪皇帝。
恭亲王奕自从复出的机会被李经述搅黄之后，闷闷不乐，病情就越来越严重，到了1893年9月，就基本卧床不起。他似乎也知道自己的生命可能很快就要走到终点，但他深为忧虑的还是大清帝国的未来，他期待中国能够在洋务的道路上继续前行，依然不希望清政府进行太大的改革，更不要听信康有为那些极端激进变革的建议。
慈禧太后知道恭亲王的心思后，和光绪帝多次前往探视恭亲王，恭亲王也利用这样的机会向太后和皇上表达了自己的忧虑。
恭亲王躺在病床中，见到慈禧和年轻的光绪皇帝，挣扎着要丫鬟扶他起来行礼。慈禧太后说免了，恭亲王挣扎坐起后，对光绪皇帝说：“皇上，老臣有一言，不得不说，现在尔父已仙逝，老臣也命不久矣，请皇上尊重太后，她毕竟政事娴熟。汝在用人行政上要格外小心，恪守成法，维系人心，与那些忠于大清国的大臣们，比如李鸿章、荣禄等共同商量，治理国家，经武整军，富国强兵。吾虽在府内，亦闻有广东举人主张变法，皇上当慎重，不可轻任小人。”
光绪皇帝这时有了自己的主见，回答恭亲王说：“当今天下，人心思变，朕不过是顺势而为罢了。”
恭亲王咳嗽了两声，道：“皇上，大清国确实应该进行某些方面的改革，但这种改革只能是旧有体制的完善，而不能另起炉灶从头开始。翁同龢、康有为等人的所谓‘从内政根本’进行改革的构想，以及在内廷设立制度局的想法，实际上是要另起炉灶，意在废我军机。果如此，以皇上的政治智慧和经验阅历，势必沦为翁同龢、康有为手中的傀儡，那样不仅对我满洲皇族不利，对大清王朝也极端危险啊。望皇上三思！”
光绪皇帝听恭亲王攻击康有为，还攻击他的老师翁同龢，有点不满，道：“朕受翁师傅多年的教导，他从未欺骗过朕，朕也不曾发现他弄权。”
“那是皇上阅人不深啊。”恭亲王又咳嗽了两声，用生命的最后一点力气对光绪皇帝说：“以臣多年与翁同龢共事的经验了解，翁同龢居心叵测，并及怙权，如果不对他进行防制，将来一旦他与康有为等人联手，必将祸及大清国。”
慈禧太后听了恭亲王的临终交代，点点头，道：“六哥，你放心吧，哀家虽老了，但也不会任凭皇上胡来的。”
年轻的光绪帝感到格外恼火，因为被恭亲王所不齿的翁同龢，是自己敬重多年的师傅。但人之将死，其言应善，光绪皇帝决定试探一下翁同龢对自己的忠诚度。翁同龢也不是省油的灯，收买了慈禧太后身边的太监，他很快得到了也知晓恭亲王的临终遗言，知道慈禧太后和恭亲王都对康有为很不满了，吓出了一身冷汗，他知道恭亲王在慈禧心中的分量，心想要保住自己的地位与权势，就必须马上与康有为等维新人物一刀两断，至少要暂时割断关系。毕竟，他是协办大学士、军机大臣、总理大臣、户部尚书，而康有为本来只是一个举人，为了他把自己搭进去，太不值了！
那天晚上，光绪皇帝试探翁同龢，向翁同龢索要康有为的著作。此时，已有心理准备的翁同龢，出于自我保护的本能，矢口否认与康有为有来往，更没有他的著作：“臣身为军机大臣、总理大臣，怎么会有此人的著作？”
翁同龢的反常回答，使光绪帝不快，因为皇上清楚地记得正是这位师傅向他不只一次地推荐过康有为，甚至不只一次地希望光绪皇帝能够破格召见康有为。光绪皇帝便问道：“康有为不是老师您推荐的吗？怎能说没有与康有为往来呢？是什么原因使你不与康有为往来？”
翁同龢说：“刚开始臣以为康有为不错，后来臣和荣禄、李鸿章一起去天津召康有为问话后，顿觉得此人狂妄无知，居心叵测。”
翁同龢这个回答，更使光绪皇帝反感，光绪皇帝质问他道：“翁师傅先前竭力推荐康有为，怎么现在他竟然变成了‘居心叵测’的小人，那么你先前是怎样考察的？你先前为什么不详说？”
翁同龢镇定自若，回答说：“先前没有看到过康有为的全部著作，最近得读他的《孔子改制考》，他乱改圣人之言，于是臣得到这样的认识。”
光绪皇帝心里有些愤怒，自从他见过恭亲王后，翁同龢就跟以前判若两人了？他决定今天不再与师傅理论，待明日师傅调整好情绪再说。第二天，光绪帝重演昨日故事，再次提起康有为，翁同龢并没有忘记恭亲王的遗言，依然如昨日一样回答了光绪皇帝的问题：“康有为居心叵测，可能是政治小人，臣现在与康有为也没有什么往来。”
翁同龢的回答，彻底激怒了光绪皇帝，因为这在很大程度上证明了恭亲王的判断是正确的，翁同龢要变法确实居心不良。光绪皇帝觉得翁同龢怂恿他维新变法，并不是为了富国强民，而是为了公报私仇，搞倒李鸿章。翁同龢自以为聪明矢口否认与康有为往来，殊不知弄巧成拙，反而暴露出自己政治上不诚实的一面，验证了恭亲王的评判。光绪皇帝心寒不已，觉得翁同龢已不可信。但是，迫于翁同龢身为帝师，位高权重，还是帝党的中流砥柱，不好公开翻脸，表面上还是对翁同龢毕恭毕敬。
光绪皇帝不搞翁同龢，不代表慈禧太后也不会动他。就在光绪维新变法的第四天，慈禧太后忍无可忍，发布懿旨，发动突然袭击，罢免翁同龢，光绪皇帝措手不及，完全没有心理准备。
懿旨送到时，正是翁同龢六十三岁的寿辰。光绪皇帝正在毓秀宫的大殿大张旗鼓给老师过生日，当时朝中文武百官大半来捧场，翁同龢也因为革去了李鸿章的总署衙门大臣一职心情大好，感觉“终于出了心中一口恶气”。朝中那些善于阿谀奉承的人趁机大贬李鸿章，马屁拍得翁同龢得意忘形，他正准备给大家分寿面，李莲英带四个太监闯入大殿，说：“老佛爷懿旨到，翁同龢接旨！”
以前翁同龢过生日，慈禧太后每年也都会给翁同龢送寿礼，翁同龢刚开始以为李莲英今日来也是例行公事，赶忙笑脸相迎，“啪啪”一甩官袖，下跪接旨。李莲英高声宣布慈禧太后的旨意：“翁同龢身为帝师，本应鞠躬尽瘁，辅佐幼君。不想妖言惑众，扰乱朝纲，着即日起，逐出毓秀宫，开缺回乡，永不叙用！”
翁同龢听到“永不叙用”这四个字，如五雷轰顶，上次饿死百万灾民，慈禧太后也只是让他回家反省三年，这次是“永不叙用”，他知道自己的前途毁了。殿里的大臣们听到“永不叙用”四个字，纷纷摇头，手中茶水凉了，为翁同龢贺寿的大臣当即走了一半。
光绪皇帝懵了，他虽然对翁同龢有意见，也没有要罢免他的意思，朝中已经没有他信任的重臣。于是光绪皇帝问李莲英：“李公公，汝是不是念错字了？朕要去面见亲爸爸。”
李莲英阴阳怪气地答道：“老佛爷说了，她这几日身体不适，不想见皇上。”
然后，李莲英命两位太监上前摘了翁同龢顶戴花翎，脱了他的官服，道：“翁大人，快走吧。老佛爷懿旨，着你立即回乡，如果晚了，老佛爷改变主意，你想走也走不了！”
言下之意，慈禧太后让翁同龢回老家，还是恩典，若是改变了主意，他的人头就得落地了。听到这句话，翁同龢一口寿面都没吃，呆在原地。两位小太监上前，当着众人的面，脱了他的官服，催促他快走。
翁同龢失魂落魄，慢慢走出了毓秀宫的宫门，迈出午门时，还差一点被门槛绊倒。到了宫外，光绪皇帝追了出来，拉着翁同龢的手告别，却不知说什么好。翁同龢说：“皇上快回去吧，别着凉，保重龙体。”
说完，翁同龢弓着背，走出了这呆了几十年的紫禁城。他知道，这一走，就再也回不来了！翁同龢抬头望了一眼无垠的天空。那里还是蓝天，只是白云苍狗，催人泪下！