下懿旨让翁同龢告老还乡的同时，慈禧就已下定决心要废除不听话的光绪皇帝。新君的人选，慈禧还是想要一个儿皇帝，她想立端郡王载漪次子溥儁为新君，溥儁1885年出生，此时不到九岁，立个娃娃当皇帝，慈禧还可以一个人说了算，而且，溥儁的母亲是慈禧的弟弟叶赫那拉·桂祥之女，和慈禧也是亲戚。
荣禄接到慈禧太后的密旨，赶到颐和园面见慈禧。慈禧跟荣禄透露了自己心中的想法：“哀家的儿子，都长大了，不听哀家的话，这可怎么办？现在恭亲王和醇亲王都去了，哀家还能活几年？这朝中能和哀家说得上话的老臣，也就你和李鸿章了。哀家想过几年耳根清净的日子，立溥儁为帝，汝看如何？”
荣禄突然听到慈禧打算另立新君，吓了一大跳，这意味着慈禧要废黜光绪皇帝了，他看了一眼慈禧，慈禧的脸色很不好，手里数着核桃木的佛珠，她说话的语气，不像是和自己商量，而是早就决定好了。
荣禄额头直冒冷汗，他知道此时自己必须站队了，只能在光绪皇帝和慈禧太后之间选一个。荣禄知道，即使帝后的矛盾已经发展到了不可调和的程度，孱懦的光绪皇帝，也丝毫没有与当政几十年的太后分庭抗礼的胆略和力量，于是回答道：“臣只知天下有太后，至于谁当皇帝，臣不敢妄言。还有，太后真就打算放弃皇上了吗？”
“你以为哀家不心痛吗？毕竟皇上四岁就入宫，在哀家身边呆了快二十年。哀家是看着他长大，哀家苦心教导了他二十年，如今他却只相信一个外人，这怎么能不让哀家失望？怎么不叫哀家寒心呀！哀家不会让他再胡来了。”慈禧说到动情处，语气哽咽，像是忍不住要抽泣了。
在荣禄印象中，慈禧从来都不曾示弱，他跪下大声道：“臣知罪，不该提起太后的伤心事，臣一定支持太后的决定，万死不辞。”
荣禄这一番话，算是表态支持慈禧太后了，慈禧点点头，道：“你去好生准备吧，不要让哀家失望。”
荣禄问道：“臣这里不会有问题。不知道李中堂那里，太后可告知他？天津可是有大批新军。”
慈禧说：“另立新君的事，越少人知道越好。哀家还没跟李鸿章说。但想必他不会有太大意见。”
“臣明白了。”于是，荣禄告退，马上接管了九门提督的三万兵马，还有六万禁军，然后宣布京师戒严，封锁正阳门、崇文门、宣武门、安定门、德胜门、东直门、西直门、朝阳门、阜成门，北京城内此时已杀气腾腾，到处是背着洋枪巡逻的兵勇。荣禄还在天津到通州的铁路沿线布下三万重兵，以防直隶有变。
荣禄秘密安排好这一切后，变法已经进行了一段时间。慈禧又给恭亲王举行了隆重的葬礼，之后时机差不多了，慈禧太后便开始动手反击，她命李莲英带太监去把光绪皇帝叫到颐和园来训斥。
那日，京城里冷风渐起，慈禧太后先把庆亲王奕劻以及一帮“帝党”骨干大臣请到便政殿，并在自己的座前，设置了执行家法的竹杖。
光绪皇帝那阵日子，正在意气风发搞改革，干得最大的事，就是废科举，成立了京师大学堂。
没有了翁同龢，光绪皇帝倚重的是孙家鼐。孙家鼐也是状元出身的帝师，咸丰九年就中了一甲一名进士，也就是状元。他在光绪四年被慈禧太后命在毓庆宫行走，与翁同龢一起授读光绪皇帝，后累遣内阁学士，提升工部侍郎。维新变法后，他认为要振兴中华，必须要注重科学，兴办实业，“国家欲富强、民族要兴旺首先要开办学堂”。
光绪皇帝下诏推行变法，废科举，兴学堂，便命孙家鼐主办最重要的京师大学堂，研究欧美国家办学体制。孙家鼐提出“以中学为主，西学为辅；中学为体，西学为用”的主张，在京师大学堂设10门主科、10门附科。
当时的京师大学堂在景山脚下，马神庙中，没有鼓乐齐鸣，没有红毯铺地，也没有贵宾致辞、“领导”剪彩、代表发言，当时的管学大臣孙家鼐默默地率领中西教习和160名仕学生、中学生和小学生，对着万世师表孔子的灵位顶礼膜拜，就算开学了。
光绪皇帝倚重的另一个维新派重臣是张荫桓。张荫桓也是广东省南海县人，和康有为是老乡。但张荫桓是一个传奇人物，早年考秀才不第，二十一岁纳资买了知县官衔，入山东巡抚幕府做文书，后来升迁至道员；光绪八年，任安徽按察使；光绪十年，被朝廷授三品卿衔，命入总理各国事务衙门行走；次年，出任特使，奔赴美国、秘鲁、西班牙三国，出使时成绩显赫，设领事保护侨民，建立华人中西学堂，教育华人自尊自爱、团结互助，维护华工的合法权益，为屈死的二百多名华工讨得14。7万多墨西哥银元的赔偿，并订立协议使外国人再也不敢随意杀害华人。同时，他还对西方社会进行全面考察，回国后，即向朝廷呈献他出使过程的《三洲日记》。张荫桓归国不久，即被任命为总理衙门大臣，兼户部侍郎，赏加尚书衔，进入从一品大员的行列，这在不是科举出身，又无特别军功的汉族大臣中是非常罕见的。
张荫桓长年从事外交，见识超拔，决意变法的光绪帝对张荫桓非常器重，经常召见他，在变法头一个月连续7次召见，他帮助光绪皇帝推行了开放言路的维新举措。光绪皇帝下诏，允许报纸“指陈利弊”，“中外时事，均许据实昌言，不必意存忌讳”。又下诏，凡院、部司员欲条陈意见，可以上书，通过本衙门的“堂官”（首长）代传。普通百姓可以到都察院呈递，实际上肯定了言论自由。保守派大臣弹劾张荫桓蛊惑圣上，要求将其囚禁，光绪帝不予理睬。
也就是说，光绪皇帝维新变法，真正做成重大影响的事情，就是废科举，开言路，朝廷内，则是撤销了詹事府、通政司等六个衙门，任用维新派杨锐、刘光第等。
至于开办制度局夺权，或仿效康熙、乾隆时的旧制，在紫禁城内开“懋勤殿”，使之实际上成为皇帝与维新派讨论制度改革的机构，因为慈禧太后和荣禄等人不同意，也没能成。
但因为光绪皇帝大量裁减冗官，仅京师一地，涉及闲散衙门十多处，失去职务者近万人，但又没有安排出路，去颐和园找慈禧哭诉的大臣夜以继日，而且光绪皇帝太心急，一下子罢免了礼部尚书怀塔布、许应骙等六名部长级高官，触犯了慈禧的逆鳞。慈禧起了废黜光绪之心，让荣禄安排好一切，就叫来光绪皇帝摊牌。
光绪皇帝那天赶到颐和园，迟到了半个时辰，慈禧黑着脸不说话，光绪皇帝连忙给慈禧太后跪着请安。慈禧太后没有叫他起来，而是突然开口问光绪皇帝：“皇上知何为天下？”
光绪皇帝一愣，正揣度慈禧太后问这个干什么，难道想考考自己对于新政的理解，于是回答道：“天下者，百姓之天下也……”
“大错！”还没等光绪皇帝说完，慈禧太后厉声打断了光绪皇帝的讲话，呵斥光绪道：“天下者，祖宗之天下也，汝何敢任意妄为！诸臣者，皆哀家多年历选，汝何敢说不用就不用？康有为之法，能胜祖宗之法？康有为之才，能胜哀家所选之人？汝何至昏聩愚蠢至此！”
光绪皇帝本想争辩几句，突然抬头看到慈禧太后坐前设置的执行家法的竹杖，想起小时候争辩被痛打的惨状，心有余悸，战栗不已，不知道怎么回答，小声回答：“儿臣知错，儿臣知错了，亲爸爸！”
骂完光绪皇帝，慈禧太后把犀利的目光投向诸位大臣，厉声喝道：“汝等还不跪下？皇帝年少无知，汝等也吃了几十年的白饭吗？汝等真以为哀家会坐视不管，听任皇上亡国败家吗？皇上乃是哀家所立，他若亡国，汝等拿朝廷俸禄不力诤，哀家养你们这群尸位素餐的人干嘛？”
群臣战战兢兢，抬头见颐和园内的守卫已经全部换成拿洋枪的兵勇，自然不敢反驳，赶紧跪下请罪，大半帝党的大臣，知道慈禧或许要大开杀戒了，很多人当场辞职自保，慈禧太后也不含糊，全部恩准。
当天，慈禧狠狠训斥了光绪皇帝，解除了一些帝党大臣的职务，并没有废除光绪皇帝。不过去了翁同龢，光绪皇帝等于断了两条腿，新法寸步难行，这次又失去了大半支持维新变法的大臣，光绪皇帝身边只剩下工部主事康有为、刑部主事杨深秀、内阁中书杨锐、刑部主事刘光第等人，他那天也感觉大事不妙，诚惶诚恐。
心急之余，光绪皇帝咬破手指，给内阁中书杨锐下了一道带血的密诏:“朕惟时局艰难，非变法不能救中国，非换旧臣不足以变法，然今日观之，太后深不以为然，触怒太后，今朕位不保，汝杨锐、康有为、杨深秀、刘光第等，可妥速密筹，设法救朕，特谕!”
康有为等几人接到密诏，看到光绪皇帝说“朕位不保”，十分震惊，看来老太后还没打算退休，这几个书生乱了分寸，不知道怎么办才好。这时康有为想起了袁世凯，一厢情愿地说:“事出危急，如今我等须拿血诏，引兵入京勤王，环视域内，只有天津的新兵近在眼前，而且可用，可找袁世凯借兵。”
刘光第对此举表示怀疑，讽刺康有为说：“袁世凯平日以李鸿章的学生自居，而且他的手下新兵，多是李经述的旧部，皇上前些日子罢免了李鸿章的总署衙门大臣之职，袁世凯能为皇上效力？”
康有为说：“此一时彼一时也，袁世凯是武官出身，进京勤王乃是天经地义的事！事情成了，皇上可保他荣华富贵。你有更好的办法吗？我们不如建议皇上马上接见袁世凯，给予厚赏，拉拢他，他是李鸿章的人，太后也不会警觉，正好大事可成。袁世凯这个人，对维新变法不也很热衷吗？前些日子他还托人来说想加入强国会。”
刘光第有点鄙视康有为说：“你这大圣人，不是没让袁世凯参加强国会吗？现在临时抱佛脚有用吗？”
康有为说：“可让皇上召见袁世凯，许以高官厚禄。袁世凯必能为我所用！我闻袁世凯非常贪婪。”
刘光第还是觉得此方案不妥，引兵入京成不成都是谋逆的大罪。
这时，杨锐站起身说：“大家别吵了！事到如今，只好死马当成活马医了，没有其他办法，我去天津试试请袁世凯出兵。”
于是，杨锐带着康有位勤王的主意去回复光绪皇帝，光绪皇帝便下旨，急诏袁世凯进京觐见。
两天后，袁世凯刚从练兵场回到天津官邸，就收到了光绪皇帝的急诏，让他进京面圣。袁世凯感觉事关重大，拿着圣旨去见李经述，李经述一看这圣旨是明诏，道：“康有为这几人真是愚蠢透顶，这时明诏你这样握有兵权的将领进京面圣，太后和荣禄必然会有所警觉。”
袁世凯道：“卑职也是这么想的。但现在皇上毕竟还在位，如若不去见他，岂不是抗旨不尊？老弟，你快给俺出个主意。”
李经述问袁世凯：“你真不愿进京面圣，这可是千载难逢的机会呀！”
袁世凯笑道：“老弟切莫取笑俺，这前面明明是一个火坑呀，康有为等人是想把俺袁世凯推到火坑里。”
“哦，还算你聪明。”李经述道：“他们正想拉你去趟这浑水呀！你若去了，就进退维谷，不救皇上，会落个千古骂名；进京勤王，更是以卵击石，听说荣禄不仅戒严了京城，还将天津到北京的铁路也控制了，在沿路布置了重兵。”
袁世凯听说荣禄不仅戒严了京城，还在天津到北京的铁路沿线布置了重兵，吓出了一身冷汗，问李经述道：“老弟可有两全之策？”
李经述想了想，对袁世凯说：“你去见一个老朋友吧，或许他能帮上忙。”
袁世凯问：“谁？”
李经述说：“英国新任驻华大使朱尔典，他经常跟我提起你，你们应该在朝鲜就认识吧，他很欣赏你，说你们是好朋友。”
朱尔典原来是英国驻朝大使，当时袁世凯在朝鲜，跟他有一些交情。袁世凯问道：“找朱尔典能帮什么忙吗？”
李经述说：“过几日，有三艘英舰要到天津港访问，你去和他交涉，请朱尔典发电报给总理衙门，装作干涉中国内政的姿态，同时让英舰在大沽口附近游弋，但不要靠岸。这样你就可以英军来犯为名，奏请太后，留守天津，太后也不希望看到你此时入京，必然应允。”
袁世凯听了这办法，喜笑颜开，扑通一声就跪在地上，对李经述谢道：“老弟，你这是救了俺一命。今后有什么需要俺袁世凯效劳的，万死不辞！”
李经述扶起袁世凯，拍了拍袁世凯的肩膀，笑道：“袁大人请起，你可要记住今天的话！”