张伯行在福建巡抚任上只做了两年，很快就被重新调回江南，任江苏巡抚。江苏虽然也是两江的管辖范围，但按照清朝制度，总督和巡抚同为省级封疆大吏，均直接向皇帝负责，二者之间不相统属。之前，张伯行早就与噶礼不和，康熙皇帝心知肚明，却有意将这个号称“天下第一清官”的人重新放回江南，显然有制衡约束噶礼的意思。尽管前一阵张伯行因被噶礼挤压，不得不以身体多病为由提出了辞官，但皇帝不是照样没准吗？这便是皇帝有心整饬江南的明证。
左必蕃脑袋灵活，心思缜密，转念间便想通了前后的因果，眼见赵晋正与噶礼眉开眼笑地交谈，便找了个理由溜了出去。这一溜，日后保住了他一条命。
但事情并没有就此了结，噶礼离开贡院后，赵晋再次找到左必蕃，做了多番暗示，左必蕃均佯作不解。说到最后，口干舌燥的赵晋终于明白了，对方是不想参与，心里骂了一句“胆小鬼”，便自行出去了。之后，尽管不断有各种买卖关节的风言风语传到左必蕃耳边，但他始终装作不知道。
终于到了八月乡试时间。本场三场乡试的题目，头场为四书题：“能行五者于天下为仁矣”；次题为“博厚所以载物也”三句；三题为“孔子登东山而小鲁”一节。
表面看起来，一切都很平静。直到九月初九发榜，解元为刘捷，中举者除苏州十三人外，其余多为扬州有钱盐商及权势人物的子弟。尤其是同考官句容知县王曰俞举荐的吴泌，同考官山阳知县方名所举荐的程光奎，二人均是有名的文理不通之徒，舆论顿时一片哗然。
苏州一千多生员在南京玄妙观集会，推举廪生丁尔戬为首，将五路财神像抬入府学，供在明伦堂孔子像旁边，表示这次乡试是“惟财是举”。还有人用纸糊住贡院匾额，改“贡院”二字为“卖完”。贡院的大门上也被人贴上一副对联：“左丘明两眼无珠，赵子龙一身是胆。”讽刺主考官左必蕃对舞弊行为视而不见；而赵晋则胆大妄为，收受贿赂。又有人作打油诗讽刺说：“能行五者（金子、银子、珠子、绸缎、古玩）是门生，贿赂功名在此行。但愿宦囊夸博厚，不须贡院诵高明。登山有竹书贪迹，观海无波洗恶名。一榜难为言皂白，圣门学者尽遭坑。”其中暗合乡试的题目。
不过，尽管时论对主考官左必蕃和赵晋冷嘲热讽个不停，但二人毕竟是外来的和尚，人生地不熟，明眼人一眼便能看出其背后另有主谋。既然乡试的受惠者最多的是盐商子弟，就不能不让人怀疑到与盐务有关的官员身上。
在清朝，制盐业是重要的官方工业，盐价和盐税收入是与田赋收入同等重要的官府财源。当时直接负责两淮盐务的是苏州织造李煦和江宁织造曹寅（李煦妹夫，曹雪芹祖父），二人隔年轮管，管辖范围涉及盐场、运输、税课、稽查等。另外两江总督噶礼也于盐务上有重大责任：一是缉拿盐商走私；二是官督商销，即招商办课，由专商垄断盐引和引岸，盐商向官府缴纳引税后领取盐引（一种凭证，准许持有人向官方产盐机构认领盐，属于官方垄断性资源），在指定地点买盐及销售。
曹寅到江南任织造已经有二十年。其母当过康熙皇帝的乳母，他本人也当过御前侍卫，深得康熙皇帝信任。康熙皇帝前后四次南巡，均住在曹寅家里，关系之密切由此可见一斑。自他和李煦接手盐务的肥差后，旁人均不敢问津，但自噶礼上任两江总督后，情况便有所不同。噶礼一到任，就向康熙皇帝参劾说：曹寅和李煦亏欠两淮盐课银三百万两，请求皇帝公开查处。噶礼表面是树立清廉形象，其实是想染指肥得流油的盐务。殊不知康熙皇帝素来将曹寅当做家人，当然没有理睬噶礼的上奏，但也暗地派人告诫曹寅和李煦，必须要设法补上亏空。自此，曹寅和李煦大为收敛，反倒是噶礼开始插手盐务。
以曹寅和李煦的身份位置，不方便也没有这个能力插手科举，那么乡试通弊中嫌疑最大的当属两江总督噶礼了。一时间，满城风雨，谣言不断。生员抬着五路财神像游街时，南京城万人空巷，人们蜂拥而出观看，景象蔚为大观。
两江总督噶礼见到这般情形，当即火冒三丈，派兵将丁尔戬等十多名为首的士子拘捕，准备按诬告问罪。士子们更加群情汹汹，普通百姓也被激怒了，大有一触即发之势。一直密切关注事态发展的江苏巡抚张伯行自然不会坐视不理，第一个向康熙皇帝上疏，这便是本篇开头所提到的一幕。
只见张伯行在奏疏中写道：“今年江南文闱，榜发之后，议论纷纷。九月二十四日，有数百人抬拥财神，直入学宫，口称科场不公，臣未敢隐匿，相应奏明。”奏疏中还对他了解到的一些情况作了描述，比如副主考赵晋受贿十万两纹银，出卖举人功名；同考官王曰俞、方名等人通同作弊；而正主考左必蕃知情不报，有意欺瞒圣上；本年江南乡试取士造成了很不好的影响，江南士子一片哗然，众怒难犯，如果不及时查办，恐怕要生大变。
康熙皇帝看了后还未作出反应，江南乡试主考官左必蕃的奏疏也到了。原来左必蕃看到事情越闹越大，担心祸及他这个正主考，日夜惶恐不安；又听说张伯行已经给朝廷上奏，生怕日后被安上个“知情不报”的罪名，也急忙上奏说明江南乡试一事。不过，他没有揭发副主考赵晋卖关节一事，当然更不敢提及两江总督噶礼，仅仅是奏道：“撤闱后闻舆论喧传，有句容知县王曰俞所荐吴泌、山阳知县方名所荐程光奎，都是不通文理者，臣也感不胜惊愕。”
先后接到了张伯行、左必蕃的奏疏，江南乡试出了大丑闻已经是确认无疑的事情，但康熙皇帝并没有像他的父亲顺治皇帝那样立即采取火暴的行动，而是依旧在等待。他有着多疑狡诈的天性，从不轻易相信汉人大臣的话，他还要等待另外两封密折从江南送来。
清朝档案最机密者，当属军机处的档案，这些都是级别最高的国家机密。但自康熙皇帝开始，还有比国家机密更为机密的密折。一般的奏折，比如江苏巡抚张伯行的、江南乡试主考官左必蕃的，都是先交通政司审阅，然后再呈交皇帝。特别长的奏折还需要“贴黄”，即在黄纸上概括要点，附在奏折上一同呈交皇帝。康熙皇帝创造的“密折”制度则是专奏专闻，这种密折不必经过通政司，而是直接递到皇帝手里。折面上也不写奏者姓名，只写“南书房谨封”的字样。这当然是为了防止泄密，除了皇帝本人，谁也不知道密折是谁写的，密折里面又讲了些什么。对这类奏折，康熙皇帝格外重视，均即时批复。他一度患病，右手无法动弹，但依旧不假手他人，强用左手批复密折，从不耽误。
能够拥有奏密折权力的人，自然都是康熙皇帝的心腹。康熙皇帝正在苦苦等候的密折，便是来自他派在江南的密探——苏州织造李煦、江宁织造曹寅以及杭州织造孙文成（曹寅的母系亲戚）。这三个人都是康熙皇帝派驻在江南的耳目，一年四季不间断向康熙呈递亲笔缮写的密折，奏报内容短小精密，大部分是关于江南地方上的雨水、收成、米价、疫病、民情、官吏的名声等等。传说《红楼梦》中错综复杂的家族关系，就是以这三位织造为背景。巧合的是，江南辛卯科场案案发的这一年，刚好就是曹雪芹的出生年。
果然没有令康熙皇帝失望，李煦、曹寅的密折很快就来了。二人详细报告了榜发后物议沸腾、民愤难平的情况。曹寅更是密奏说：“今年文场秀才等甚是不平，中者甚是不公，显然有舞弊行为，因此扬州秀才扰攘成群，将左必蕃祠堂全部拆去。后传闻是副主考赵晋所为，始暂停息。”
康熙皇帝这才拍案而起，怒气冲冲地道：“我勤政爱民五十年，还从来没有见过如此胆大妄为的奸臣贼子。若任他们这样狂妄下去，岂不是要毁掉我大清江山。”于是派户部尚书张鹏翮为钦差大臣，会同两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋在扬州审案，务必将科场案彻底查清。
张鹏翮，字运青，四川遂宁人，康熙九年（1670）进士。传说其容貌俊美，“貌如好女子，诸同年皆戏弄之”（《西征随笔》）。不过，张鹏翮自步入仕途后，一直有公直廉明的名声，“不避权贵，人皆惮之”，是康熙一朝的名臣。他曾经出任江南学政。到任后，不少富家子弟手持京师权贵人物亲写的“荐函”，打算来走后门，但听说张鹏翮刚正无私，最终还是“踯躅逡巡，不投而去”。当时的规定，凡呈学使报册都须交些“部科费”（手续费），但张鹏翮“两袖清风，毫无以应，人亦绝口不索”。后来回京师任职，张鹏翮为了应付说情请托之人，特意在府邸的厅堂上竖了一尊关圣帝君塑像。每逢有人登门请托时，他便指着塑像说：“关帝君在上，岂敢营私徇隐！”这样清操的大臣，当然深得康熙的信任，誉为“天下廉吏”。
［张鹏翮为清初明臣，得到康熙、雍正两代皇帝的嘉许，史料对其为人多褒奖有加，唯独汪景祺在其所著的《西征随笔》对张鹏翮的人品大力贬斥，说他“龌龊鄙秽，无志下材，刻薄寡恩，顽钝无耻”。汪景祺为浙江钱塘人，少负才名，因而恃才傲物，“豪迈不羁，谓悠悠斯世，无一可友者”。康熙五十三年（1714）中举人，其后两次参加会试，均未能中进士，而刚好这两次的主考官都是张鹏翮。科场失意后，汪景祺改投到当时炙手可热的抚远大将军年羹尧幕下，写成《西征随笔》一书。不久，年羹尧被雍正皇帝下令赐死，汪景祺也因为《西征随笔》中有“大逆”之言被雍正所杀，家小全部被流放宁古塔，成为雍正一朝第一起文字狱的受害者。汪景祺被斩首后，头颅长悬于北京宣武门外。一直到雍正皇帝死去乾隆皇帝登基，其早已成枯骨的首级才被取下与身合葬。《西征随笔》一直为禁书，直到清末民国初期方现身于世。］
对于两江总督噶礼，张鹏翮一点也不陌生。他之前曾受命调查噶礼举报苏州知府陈鹏年所作《重游虎丘诗》是反诗一事，当时噶礼极尽威胁利诱之能事，但张鹏翮没有理睬，照旧“按奸发状，振摘是非，无所容回”，最终的结论还是“直鹏年而曲噶礼”，证实噶礼完全是诬告。
张鹏翮与张伯行也是老相识了。他任河道总督时，“丁忧”（清朝制度，官员父母去世，官员要去职三年归里守孝，称之为“丁忧”）在家的张伯行因自发组织民众抗洪堵堤，得到张鹏翮的倾心赏识，向康熙皇帝力荐，称其“堪理河务”。正是由于张鹏翮的大力举荐，张伯行才进入了康熙皇帝的视野。
正因为张鹏翮刚正廉洁，不畏权贵，所以凡有重大的案件，康熙皇帝总是派他去处理。对于这桩朝野瞩目的江南乡试案，张鹏翮更是众望所归，被认为定然能够秉公办理。在这样的状况下，时人均认为局面对张伯行有利，而对噶礼不利，岂料事情完全出乎众人的意料。
上谕下达的当天，张鹏翮便动身赶赴江南，一路马不停蹄。第一次会审，在扬州行辕举行，由钦差张鹏翮主审，两江总督噶礼、江苏巡抚张伯行、安徽巡抚梁世勋陪审。一切都相当顺利，没有费任何周折，副主考官赵晋便当堂供认受贿黄金三百两，同考官王曰俞、方名也供认徇私舞弊，将事先约好的关节“其实有”三个字卖给了程光奎、徐宗轩、吴泌等人，并将有关节之人均取中举人。钦差张鹏翮当即决定革去赵晋、王曰俞、方名一切功名，收监看管，等待皇帝的处置。
下面是提审行贿人程光奎、吴泌。二人被带进大堂后，钦差张鹏翮听说这两名举人是有名的文理不通，于是先简单考了下二人的学识，结果吴泌连两句《三字经》都背不下来，程光奎写《百家姓》中，“赵、钱、孙、李”四个字中就错了三个，唯一写对的“钱”字也是七扭八歪，不成样子。张鹏翮愤慨至极，一拍桌子，怒问道：“你们到底行贿多少买来这举人功名？快从实招来。”程光奎哪里见过这等阵势，吓得立即招供说：“小人出了黄金十五锭，每锭二十两，一共是三百两。”吴泌马上也跟着承认自己行贿了三百两黄金。
这样一来，问题就出来了——程光奎和吴泌各出三百两黄金，一共是六百两，可副主考官赵晋供认只收到三百两黄金，另外的三百两到哪里去了呢？追问之下，吴泌供出他的三百两黄金是托前任安徽巡抚叶九思的家人李奇代转的，这三百两到底给了谁，只有李奇知道。
李奇当即被拘到了堂上，一见到现场钦差高坐，督抚各坐一边，差役环伺，顿时吓得战战兢兢，一经喝问，便立即交代另外三百两黄金贿款交给了泾县知县陈天立，由他代转给两江总督噶礼。此言一出，全场愕然。
噶礼首先跳了出来，下令将李奇拖下去乱棍打死。张伯行立即出面制止，坚持继续审讯李奇，将事情弄个水落石出。噶礼暴跳如雷，一定要对证人用刑，并极力阻挠再审下去。堂上气氛顿时紧张起来，眼见督抚之间剑拔弩张，一个要打，一个不准打，差役们也不知所措。最后还是钦差张鹏翮站出来宣布暂且将李奇收监，押后再审，然后下令退堂，一场闹剧才就此结束。
一审结束，通同作弊的大后台两江总督噶礼已经浮出水面。钦差张鹏翮应该立即将实情上奏康熙皇帝，但一向刚正的他却在此时犹豫了起来。他有两个儿子：长子张懋诚，次子张懋龄，均工诗，但张懋龄因为娶山松衍圣公孔毓圻（孔子六十七世孙）之女为妻而名气更大。当时其长子张懋诚任安徽怀宁知县，刚好归两江总督管辖。噶礼一度派人威胁张鹏翮，扬言要对张懋诚下毒手。
张鹏翮爱子心切，心有顾虑下，又考虑到清朝历来扬满抑汉，在汉大臣与满大臣的相争中，从来就是以汉大臣惨败而告终，更何况噶礼还与康熙皇帝有着特殊的关系，最终决定偏袒噶礼一方。他不但不据实上报，还微服私访张伯行，劝说道：“噶礼是封疆大吏，又是皇上信赖的大臣，事情万一闹大，皇上的面子过不去，我们都不好交代。这件事，还是就这么算了吧。”张伯行却义正词严地回答道：“钦差一向有清正廉洁、执法如山的名誉，切不能因为个人恩怨袒护权臣。如此一来，天下将无正义可伸，上负天子爱才之心，下屈壮士报国之志。我不能赞成息事宁人的态度。”
张鹏翮虽然心有惭愧之意，但为了自己的利益，还是抹下面子，竭力劝说张伯行让步，就此结案停审了事。孰料张伯行也是个牛脾气，坚决不肯屈服。二人就此不欢而散。
！】几天后，两道加急奏折先后送到康熙皇帝案前：第一道是江苏巡抚张伯行弹劾两江总督噶礼的。说外间舆论盛传总督噶礼与监临、提调各官暗中受贿而鬻卖举人头衔。又传说事情败露后，总督噶礼勒索银五十万两。对噶礼的种种不法行为，张伯行痛心疾首：“督臣忍负皇上隆恩，擅作威福，卖官卖法，复卖举人，贪残暴横，恶贯满盈，只缘权势赫奕，莫敢撄其锋以贾祸。仰祈敕令解任，一并发审，俾舞弊之人，失所凭借，承审之官，亦无瞻顾，庶几真情得出，国法得伸。”（《历朝四百五十人传记》）请求皇帝立即将噶礼解任审查。第二道则是噶礼弹劾张伯行的。声称张伯行阴谋诬陷，有意败坏总督名声。又因为当时刚刚发生了戴名世《南山集》的文字狱，举报《南山集》在苏州（江苏巡抚驻在苏州）刊刻，张伯行知情不报，且与为《南山集》作序的方苞交好，甚至有意包庇。又罗织了其他多项罪名，指责张伯行玩忽职守。
【人！】康熙皇帝看到奏疏后大怒，认为督抚互参有失大臣体统，下令将噶礼和张伯行二人一并免职，责令钦差大臣张鹏翮会同漕运总督赫寿再审。清朝漕督衙门设在淮安（黄河、运河交会之处，漕运咽喉之地，今江苏淮安），赫寿接旨后不敢怠慢，立即从淮安起程，坐船经大运河赶往扬州。
！】总督和巡抚均是地方最高长官，即所谓的封疆大吏，督抚互相攻讦弹劾是朝廷大事，而江南更是朝廷的财赋重地。督抚互参一经传出，一时间成为轰动天下的大奇闻。这场科场案的审理，实际上已经变成了贪官和廉吏之间的较量。朝臣也各有立场，本来简单的科场案立即牵扯上了朋党之争和满汉之争，局势开始复杂化。
！】《清稗类钞》还记载了富有戏剧性的一幕，噶礼和张伯行奉旨革职、于行辕对簿完毕后，二人出门时因相争不下，继而大打出手。噶礼身材雄壮，张伯行也是高大魁梧，噶礼最终被张伯行踢了一脚，“踣于地而滚”。
远在京师的康熙皇帝无时无刻不在关心江南的发展，密令曹寅和李熙多方打探。几天后，江宁织造曹寅的密折送到，其中说：“臣留心打听张鹏翮与赫寿所审吴泌、程光奎之事。吴泌买举，只追问李奇夫妻金子下落，意在就李奇撞木钟，以结吴泌之事。程光奎只认夹带，以结程光奎之事。至于左必蕃、赵晋二人及房考等，俱未细问。众论以为张鹏翮外则调停总督抚院了结此案，而本意则不欲重伤主考、房考，以塞科甲侥幸之路。赫寿亦因循可否，以观成败。总督噶礼实无包揽卖举之事，护庇叶九思（前任安徽巡抚）事或有之。解任之后，虽有人众保留，皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。巡抚张伯行实因粮道参处，自己亦诖误调用，当封印之际，预闻京信，两下纷争，以有此疏，欲复噶礼之仇，亦非为科场持公起见也。解任之后，亦有人众保留，率多秀才，亦皆以下官吏粉饰曲全，殊无真爱戴之者。众人议论，皆云江南百姓蒙天恩视如赤子，屡免钱粮，时加抚恤，督抚二臣不体贴圣衷，安静保护，徒博虚名，各为己私，互起朋党，殊无大臣之体。张鹏翮身为大臣，理宜秉公持正，力决是非，而反周旋主考、房考，曲全两造，迁延时日，不能无私。自去年至今，已经四月，每日吊开单审，并不对口，并不再问程光奎之事，只审吴泌一案，并不问主考、房考如何字眼关节，只问原出首撞岁（钟）之人。目下闻光棍李奇当审鞫之际，颇多放肆之语，谓众人合谋，将金子诬陷于彼，以脱安抚藩司，蔓延无辜，总无断决。两江官吏，俱集扬州听审，地方辽阔，数月之久，未必不误事宜。”（《关于江宁织造曹家档案史料》）
大致的意思是说：张鹏翮没有用心审案，只关注考生个人代笔、夹带之事，而不愿意触及主考官与江南官员收贿舞弊内幕；噶礼在乡试案中是清白的；张伯行是挟怨报复噶礼，并非为科场公平起见；督抚互参，不过是以此结党营私，各博虚名而已。
曹寅先祖本为汉人，但自其祖父起，身份摇身变为清朝贵族的包衣（奴仆），隶属于正白旗。基本上，他的奏折能代表当时满人的态度。
康熙皇帝看到密折后，与王公大臣谈论说：“噶礼有办事之才，用心缉拿贼盗，然其操守则不可保。张伯行为人老成，操守廉洁，然盗劫伊衙门附近人家尚不能查拿。”又说：“据张伯行参疏云，噶礼得银五十万两，未必全实，亦未必全虚。即噶礼所参张伯行之事，亦必有两、三款是实。”（《清圣祖实录》）实际上是将噶礼、张伯行各打了五十大板，噶礼的乡试贪污案也被有意说成了互参案，这就为江南乡试案的最后结果定下了基调。
扬州这边，钦差大臣张鹏翮与漕运总督赫寿听到皇帝的口风后，断定圣上认为噶礼是能臣，即使操守有亏，也是真小人；而张伯行则是庸臣，表面虽然清正，却是个伪君子。最关键的是，前面那位是满人，后面那位是汉人。
再次开审时，审讯官已经与第一次大不相同：多了一位钦差赫寿，却少了三位督抚——噶礼、张伯行已经被免职，安徽巡抚梁世勋则每日在公馆静坐养病，也不再参与同审。赫寿刚刚由侍郎升为漕运总督，一切依旧以张鹏翮为主导。表面上，这二审倒也轰轰烈烈，当审问同考官句容知县王曰俞时，还动了大刑。不过正如曹寅所说，张鹏翮最终的目的还是想两面调停、草率完结而已。
没过几天，关键证人泾县知县陈天立突然上吊自杀。他上吊后，被看守官通判发现了，及时救下，于是没死成。第二天，看守官将情况禀告张鹏翮、赫寿二人。张鹏翮竟然说：“陈天立不过是吓唬人，不要理他。”结果，三天后的五更时分，陈天立在床上自缢而死。张鹏翮、赫寿二人假模假式地还发文书给安徽巡抚梁世勋（泾县属于安徽），要他追查陈天立的死因。陈天立家属却坚决地报称是因为病发而自缢，并无人逼勒灭口。
而另一个重要证人李奇竟然被判立即充军新疆，于押解途中染病身死，并有当地县衙的文书为证。
不管陈天立是自杀还是他杀，李奇是病死还是被害死，最直接的结果就是造成了死无对证的局面，一切对噶礼不利的证据都消除了。但江南士民人心不服，开始聚众闹事。有人在闹市传唱歌颂张伯行的歌谣，四处张贴揭帖，到各衙门投递呈文，要求张伯行留任。也有人贴出文章为噶礼抱不平，并将噶礼大门用砖石堵住，不准他交还总督印信。双方支持者你来我往，煞是热闹。
曹寅将陈天立自杀一事密奏康熙皇帝后，康熙皇帝朱批道：“众论瞒不得，京中亦纷纷议论，以为笑谭。审事也不是这样审的理，但江南合省都甚没趣了，想比（必）满洲恨不得离开这差才好。”于是密令安徽巡抚梁世勋暗中调查陈天立的死因。几天后，安徽巡抚梁世勋汇报说，江南刑狱官员，上自臬司，下至州县提点刑狱，均为噶礼亲信，封锁消息密不透风，证人陈天立之死因难以查明。言下已经暗示噶礼与证人之死脱不了干系。
不久，张鹏翮、赫寿二次审案的结果就出来了：科场一案，副主考官赵晋，同考官王曰俞、方名及所取士子吴泌、程光奎交通关节，夤缘贿卖，应按科场舞弊律论罪；张伯行生性多疑，随便“诬告”噶礼，造成江南人心浮动，应当撤职，拟徒准赎；噶礼与张伯行“互参”，有失体统，应降一级留任。
这个调查结果与康熙皇帝之前的基调完全一致，除了对张伯行稍微严厉了些，其余的处理差不多正是他想要的。然而，就在他要下令结案的时候，突然出了一点意外。康熙皇帝到后宫去给孝惠章皇太后（顺治皇帝的第二位皇后）问安时，刚好遇到了他的乳母——也就是噶礼的亲生母亲。康熙皇帝一时感慨，询问噶礼到底与张伯行有何个人私怨。不料噶礼母深明大义，不但揭发了噶礼贪污受贿的行为，还主动替张伯行辩护。噶礼母的态度对康熙皇帝的态度产生了决定性的影响，他后来很是动容地说：“其（噶礼）母尚耻其行，其罪不容诛矣。”（《啸卒杂录》）
此时，曹寅的密奏再次送到，说“此案亦有未妥，人心不能悦服”，张鹏翮如此潦草了局，在江南声名大损，人人说其糊涂徇私，而其人竟然不等案情了结，便已经动身前往福建，导致扬州民心不定，议论纷纷。康熙皇帝感到如果按照二审的结论结案，尤其是只处置清名在外的张伯行，而放任胡作非为的噶礼，实在难以向江南民众交代，于是下诏斥责张鹏翮等人“掩饰和解，瞻徇定议”，下令撤换张鹏翮、赫寿，而改派户部尚书穆和伦、工部尚书张廷枢前往江南，令其务必严加审明。
到了这个时候，前往江南的钦差要调查的重点已经不是科场案，而是督抚互参案。康熙皇帝的本意，只要保全张伯行，大致处罚一下噶礼，令江南人心稳定下来就了事了。然而，穆和伦、张廷枢却没有弄清“圣意”，也不愿意得罪噶礼和两位前任钦差。二人一到江南，不但不立即问案，还立即派人前去找张伯行说和，以噶礼“党众”为由，劝他向噶礼低头。但张伯行却依旧坚持己见，给了两位新钦差一个大钉子。
两位新钦差商量来商量去，最终决定大做表面文章——一连十几天，轮流提审科场案的人犯，煞是热闹，大有要明察秋毫、伸张正义之意。但结果一出来，还是叫人大失所望。