小女孩林娜偶然拥有了神奇的红色画笔，开启了彩虹国度的冒险历程，并在返回现实世界的时候，遇到了拥有紫色神奇画笔的小男孩——凯文。
三尾鸟唔迪在空中欢快的飞翔，一会儿向左，一会儿向右，林娜和凯文正在高兴地骑着自行车。天空逐渐变得阴沉，不一会儿就下起雨来。凯文看了天空，伸手接了一下落下的雨滴，说道，“林娜，我们快找个地方避雨吧，要下大了。”
他们加快了骑行速度，正好前方有一座古老的石桥。石桥两侧矗立着天使和美人鱼的雕像，他们来到桥墩下避雨。凯文郁闷的说道，“这雨什么时候才能停下来呀？”就在林娜刚想回话的时候，石桥的桥墩上突然出现了一个木门。
木门里传来的声音吸引了林娜和凯文，那是一阵急促的脚步声，接着是慌乱的开门声。木门突然间打开了，一名穿着橙色长袍、戴着橙色王冠、手拿橙色神奇画笔的老人出现在林娜和凯文的面前。他洁白的头发和胡须遮住了大半张脸，不过从老人的表情上看的出来，他紧张又急迫。老人上气不接下气地说，“孩子们，我终于找到你们了。听我说，我的时间不多了。飞龙军就在我的身后，我是彩虹国度的国王埃伦。彩虹国度正面临着巨大的危机，快，拿好这张地图，它会指引你们找到解决危机的方法。按照地图上的指引，你们需要收集所有的彩虹笔，就是你们手中拿着的画笔，集齐之后.....”
突然，“看你往哪里跑？”木门里冲出的两名飞龙军的士兵，他们抓住了埃伦老国王，把他向门内拽去。“快走，孩子们，收集彩虹笔，拯救彩虹国度的重任就交给你们了。”埃伦国王边喊边把手中橙色的彩虹笔扔向了林娜。卫兵们带走了老国王，林娜和凯文躲在了石堆后面。卫兵们的任务只是捉拿国王埃伦，对小女孩和小男孩视而不见。门嘭地一声关上了，门里的嘈杂声越来越远，直到彻底安静。
三尾鸟唔迪落在男孩的肩膀，林娜和凯文互相看了一眼，他们从彼此的眼睛里看到了坚定，那是要拯救彩虹国度的坚定。“准备好了吗？让我们打开这扇门吧。”凯文拿着地图问道。“我准备好了，我们首先需要两把钥匙。”林娜微笑着回应道。同时，她把橙色彩虹笔插在埃伦国王交给她的肩带上，他们开始动笔了，林娜在墙上画起来，凯文在地上画起，一紫一红两把钥匙出现了。
他们一起插在木门的两个锁孔里，咔嚓门开了。他们拉开门，重返彩虹国度。门后是彩虹城护城河旁边一个很隐秘的小山洞，他们趴在石头后面向远处眺望。彩虹城四处硝烟弥漫，天空中，飞龙军的飞艇在四处巡逻。彩虹城的守军和居民们都被飞龙军看押在了一起，坐着船正要运送往秘密看守地。“这帮可恶的飞龙军，我们要尽快收集彩虹笔。凯文，看看地图，我们应该去哪里收集彩虹笔？”“是这里，这里离我们最近，也是黄色彩虹笔的位置。地图上显示是海底神庙。”
正在林娜和凯文商量着寻找彩虹笔的时候，飞龙军发现了他们。“嗨，是坏我们好事的两个家伙，飞龙军，出击，抓住他们。”飞龙军首领大声喊道。“我们快走，去水底。”林娜看了一眼凯文说道，“我画水下呼吸器，你画能带我们到水底的东西。”他们拿起了画笔，飞快地画起来。凯文画出了一只巨大的紫色章鱼，他们戴上红色的水下呼吸器，抓住章鱼的触手。“快去水底。”凯文命令道。
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巨型紫色章鱼舞动起巨大的触手，带着凯文和林娜飞快的向海底游去。他们游啊，游啊。“快看，是海底神庙。”林娜突然指着远处喊道。只见在深深的海底，一个破败的神庙和废弃的城市矗立在那里。在神庙的最中央，可以清晰的看到黄色的光芒在闪烁。章鱼调转了方向，飞快地向海底神庙游去。
林娜和凯文顺利地来到神庙中央，林娜拿起黄色的彩虹笔。“太好了，我们又收集到一只彩虹笔。”凯文高兴地说。正在他们要离开海底神庙的时候，飞龙军们追了上来，他们穿着水下呼吸器，游动的速度远远比不上章鱼游动的速度。飞龙军远远地被他们甩在了后面，他们命令章鱼去往海上的一个神秘小岛，那里有着下一只彩虹笔。
水流在他们身边滑过，时间在一分一秒的过去。在地图的指引下，凯文和琳娜来到了下一只彩虹笔所在的岛屿，他们来到岸边。“凯文，我们一起画一个代步的动物吧，要不然这么密的树林和高山，我们要走很远的。”林娜建议道。“那我们画一只犀牛吧，强壮的犀牛！”凯文说道，他们一起动笔画了起来，很快一只有着红色凉棚座椅的紫色犀牛，出现在他们的面前。“哟呵，奔跑吧！大犀牛。”凯文高兴地欢呼。犀牛大叫一声，飞快的跑动起来，它的身后扬起了一片尘土。
穿过茂密的森林，他们来到有着古老雕像的古代金字塔的旁边。在远处，他们看到了发着光芒的彩虹笔。“再快点。”凯文命令道。很快，林娜和凯文来到了一座破败的吊桥上，他们小心翼翼地挪动脚步，三尾鸟唔迪在空中帮助他们看路，提醒他们避开腐烂的木板。他们成功了，他们在吊桥末端的尖塔上，取到了绿色的彩虹笔。“站住，我们捉住你们了。”飞龙军的士兵又追了上来。“真像口香糖一样粘人，我们走，凯文，飞起来。”林娜说。凯文说，“嗯，我画一只巨大的蜻蜓吧。”“好吧，那我画下面的吊板。”很快，一只巨大的紫色蜻蜓飞了起来，它的截肢上挂着两根细长的红色绳索，林娜和凯文坐在绳索下面的木板上。它们飞起来的时候，恰好避开了飞龙军的抓捕。“再见，飞龙军的笨蛋们。”林娜对着飞龙军士兵愉快地说。
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他们在空中再次打开了地图。“嗯，最后一只青蓝色彩虹笔在彩虹国度北方的雪域之巅。”凯文边看边说。巨型蜻蜓飞啊飞啊，他们飞到了高高的雪山上，在一座巨大的佛塔上，他们发现了最后一支青蓝色彩虹笔。“我们成功了，凯文。”林娜高兴地把青蓝色彩虹笔插在肩带上，飞龙军们依旧紧追不舍。这一次，他们驾驶着热气球飞艇飞快地赶来了。不过，他们始终比林娜和凯文慢上一步。“首领快看，他们收集齐了彩虹笔。”一名士兵大声喊道。“快阻止他们，快阻止他们，飞龙军们，出击。”飞龙军首领班度气急败坏地大喊。
林娜和凯文紧紧抓住佛塔的尖柱，林娜把插满所有彩虹笔的肩带扔向三尾鸟唔迪。凯文大喊，“抓住肩带，唔迪。飞起来，飞去彩虹城，快！”唔迪抓住彩虹笔的肩带，迅速的飞了起来，飞向远处的彩虹城。它高高的飞着，快速的飞着。突然，从佛塔的顶端开始，彩虹笔在空中画出了美丽的颜色，那是赤橙黄绿青蓝紫，那是彩虹之光。彩虹之光重现彩虹国度，它照亮了阴沉的天空，照亮了彩虹国度人们的心间。
林娜和凯文欢呼着，与此同时，飞龙军们尖叫着。“噢，不！噢，首领，我们失败了。”首领班度喊道，“可恶，我们会回来的，我们会回来的，飞龙军永不失败，世界应该是灰色的，应该是灰色的。”飞龙军的飞船在彩虹之光下全部失去了动力，士兵们的身体也逐渐消失。只有飞龙军首领班度逃进了森林深处。
三尾鸟唔迪飞到了彩虹城，彩虹之光的照耀击溃了飞龙军，他们全都消失或逃走了。彩虹城的居民们得救了，他们欢呼着，“彩虹之光万岁，彩虹之光万岁。”老国王埃伦激动地站起来，他高高地向彩虹举起了自己的双手，“彩虹之光，重新照耀彩虹国度，我们成功了。我没有看错，那两个孩子就是神选定的的彩虹之子。”
彩虹城再次恢复了明亮、美丽、平静和欢乐，林娜和凯文骑着紫色犀牛沐恩，带着章鱼汉克，蜻蜓扑扑回到了彩虹城。国王埃伦和他们一起坐在犀牛上，乘着彩虹城的游船在城市密集交织的运河内接受着所有居民热情地欢呼。“谢谢你们，孩子们。我应该称呼你们为彩虹之子。”老国王埃伦高兴地说道，“欢迎你们随时来彩虹国度，你们永远是我们的朋友和家人，不过这会，你们该回去了。平行世界的人们，在对面的世界不能停留过久。再次谢谢你们。”老国王说着，在墙上画起来。噢，是两枚王冠。“这是给你们的，孩子们。”老国王将王冠分别带在林娜和凯文的头上，“再见，孩子们。”“再见，埃伦爷爷。”凯文说道，“我们会常来看您的。”林娜说道。两人再次穿过山洞和木门，当他们回到自己世界的时候，雨已经停了，雨水洗刷了阴沉的天空和城市，让他们再次变得明净、清透。远处，一轮七色的彩虹挂在天边，是那么美丽、那么动人。